Por lo general, vector y matriz son lo mismo y se usan indistintamente cuando se programa. Eso es en la mayoría de los lugares, por lo que no debe preocuparse mucho por eso la mayor parte del tiempo.
Dicho esto, el lenguaje es impreciso y a veces tenemos palabras que tienen diferentes significados en diferentes contextos que terminan significando lo mismo, o una palabra que tiene dos o más significados diferentes.
En C, una matriz es una serie de elementos de datos del mismo tipo que se almacenan en la memoria de forma contigua. Java heredó ese significado. No es lo mismo que una Lista o un Vector, ya que las matrices son más básicas que esas.
Un vector es una construcción matemática definida como un objeto que puede agregarse a otro objeto del mismo tipo o multiplicarse por cualquier número real (o complejo) que resulte en otro vector del mismo tipo. También tiene algunas otras propiedades que son muy útiles.
Un vector tiene dimensión . Es el número mínimo de vectores diferentes que deben combinarse para obtener todos los vectores posibles de ese tipo. La velocidad y la aceleración son vectores tridimensionales porque el espacio tiene 3 direcciones de base y al agregar múltiplos de esas tres direcciones de base puede obtener cualquier posición en el espacio. La posición en un plano es un vector bidimensional, y los números individuales son vectores unidimensionales.
Una forma de representar un vector de dimensión n es mediante el uso de una matriz de n elementos, cada uno de los cuales representa la cantidad de cada vector base que debe agregar para llegar a su vector.
Como puede representar un vector usando una matriz de elementos, con el tiempo, los dos conceptos se equipararon. Entonces, en muchos lugares, simplemente son lo mismo y en algunos idiomas las matrices se llaman vectores.
Otro caso en el que una palabra tiene dos significados diferentes es, por ejemplo, dimensión . La definición de Wikipedia de un vector como una matriz unidimensional es un ejemplo. No estás hablando de dimensión vectorial aquí. Estás hablando de la representación por computadora de la estructura de datos. Un vector tridimensional se puede representar mediante una matriz "1-dimensional" de tamaño 3. 3 números en línea. Una matriz 3x3 puede representarse mediante una matriz "bidimensional", que es lo que los programadores llaman una matriz de matrices. Sin embargo, una matriz 3x3 también es un vector matemático de dimensión 9 (ya que tiene todas las propiedades de un vector) y tiene 9 números. Confuso, ¿eh?
De todos modos, creo que la respuesta es simplemente: no te preocupes. Todo depende del contexto. Las dos palabras tienen orígenes diferentes, pero en el contexto de las estructuras de datos, cuando dicen vector significan exactamente matriz .