Si se trata de un proyecto personal, digo almacenar la configuración en el control de fuente. Personalmente, nada mata más mi motivación para un proyecto que configurar un entorno de desarrollo nuevamente.
Cuando hay más personas involucradas, no pongo estas cosas en el control de la fuente. En mi equipo, tenemos una combinación de IntelliJ, Sublime Text y Eclipse en uso. Los archivos IDE simplemente agregan desorden, y resultan en la recepción de confirmaciones a esos archivos de otras personas para un IDE que no usa.
Además, su proyecto no debería depender del IDE de todos modos. Un servidor de compilación no iniciará Eclipse para compilar su producto, por lo que ya no debería tener IDE. Un punto más menor: elimina la organización personal dentro del proyecto. Por ejemplo, en IntelliJ me gusta usar muchos módulos dentro de nuestro proyecto. Nadie más que use IntelliJ se preocupa por esto porque no almacenamos los archivos .iml (módulo).
Si su equipo está usando el mismo IDE, entonces es mejor, pero alguien comete una entrada de .classpath incorrecta porque usaron una ruta absoluta. Ahora todos los que usan el IDE se preocupan por eso.
Claro, la desventaja es que hay más configuración cuando alguien revisa el proyecto. Creo que vale la pena. Usamos Ivy para la gestión de dependencias y tenemos información sobre la configuración, las dependencias, etc. A pesar de este costo inicial, creo que vale la pena mantener la configuración de IDE fuera del control de la fuente.