Actualmente trabajo en un lugar donde se aplica un formato de código estándar y el código se formatea automáticamente al guardar el archivo, tal como está a punto de hacer. Como nuevo miembro de la compañía, descubrí que las reglas de formato comunes me daban una sensación cálida y confusa de que "estos tipos saben lo que están haciendo", por lo que no podría estar más feliz. ;) Como nota al margen relacionada, con las reglas de formato comunes también aplicamos ciertas configuraciones de advertencia del compilador bastante estrictas en Eclipse, con la mayoría de ellas configuradas en Error, muchas configuradas en Advertencia y casi ninguna configurada en Ignorar.
Diría que hay dos razones principales para imponer un formato de código único en un proyecto. Primero tiene que ver con el control de versiones: con todos formateando el código de manera idéntica, se garantiza que todos los cambios en los archivos serán significativos. No más simplemente agregando o eliminando un espacio aquí o allá, y mucho menos formateando un archivo completo como un "efecto secundario" de cambiar solo una o dos líneas.
La segunda razón es que de alguna manera saca los egos de los programadores de la ecuación. Con todo el mundo formateando su código de la misma manera, ya no se puede saber tan fácilmente quién ha escrito qué. El código se vuelve más anónimo y de propiedad común, por lo que nadie necesita sentirse incómodo por cambiar el código de "alguien más".
Siendo esas las razones principales, también hay otras. Me resulta reconfortante no tener que preocuparme por pensar en el formato del código, ya que Eclipse lo hará por mí automáticamente cuando guarde. Es libre de preocupaciones, como escribir documentos con LaTeX: está formateado después y no tiene que preocuparse por eso mientras escribe. También he trabajado en proyectos donde todos han tenido sus propios estilos. Luego, debe pensar en cuestiones estúpidas y sin sentido, como si está bien modificar el código de otra persona en su propio estilo, o si debe tratar de imitar su estilo.
El único argumento en contra de la configuración de formato de código común que se me ocurre para su caso es que aparentemente es un proyecto ya en curso, por lo que causará muchos cambios innecesarios en todos los archivos, lo que desordenará el historial real de los archivos. El mejor de los casos es si puede comenzar a aplicar la configuración desde el comienzo de un proyecto.