A menudo me pregunto lo mismo, pero no creo que migre proyectos existentes a JavaFX. Al menos no por ahora, y no para proyectos de mediano a gran tamaño. Sin embargo, consideraría JavaFX para nuevos proyectos, y consideraría una migración nuevamente en el futuro y volvería a evaluar la pregunta basada en el progreso de JavaFX.
Por el momento, mis preocupaciones son:
Inmadurez
Sí, pronto iremos a 3.0, pero no ha existido por tanto tiempo y aún ha pasado por cambios importantes. Entonces, para el software corporativo grande y con aversión al riesgo, este es un lugar relativamente doloroso.
Actuación
No he visto suficientes datos sobre diferencias de rendimiento.
Widgets y Componentes
No he visto suficiente ganancia en los nuevos componentes. Esto puede relacionarse con la inmadurez, supongo. Tampoco sé aún qué tan bien se pueden extender y componer, en contraste con Swing.
En general, supongo que los datos duros sobre las ventajas son lo que me falta para que JavaFX los convenza por completo.
Por otro lado, Swing está probado y probado. Sí, la API es torpe e invoca la finalización automática en su IDE en un objeto Swing como el JTextPane lo hará llorar y llorar por su mami, pero, si tiene suficiente conocimiento, puede construir interfaces de usuario impresionantes con Swing, eso están funcionando bien (nunca compré la falacia de Swing-has-bad-performance, vea las publicaciones de blog anteriores de Romain Guy en los blogs de Sun) y le permiten hacer cosas bastante buenas.
Entonces, antes de cambiar cualquier cosa, te recomiendo que pruebes primero un pequeño prototipo, y tal vez intentes portar algunos de los cuadros de diálogo de tu aplicación y ver cómo funciona.