Si se suscribe a una política de "Código limpio", probablemente deba preguntarse si es una buena práctica agregar comentarios. Si el código solo se puede aclarar con un comentario, entonces, seguro, agregue uno, de lo contrario, debería poder comprender fácilmente lo que hace su código simplemente al leerlo (siempre que esté usando nombres razonables para sus variables, métodos, etc.).
Independientemente de su opinión personal sobre si comentar es una buena práctica o no, un comentario debe contener información que sea de valor directo para el código al que se refiere el comentario. En este caso, la pregunta es si agregar un número de problema agrega valor al código. El problema que veo al agregar el número de problema es que puede tener una sección de código que podría modificarse en gran medida para satisfacer varios problemas, y después de un tiempo, podría ser imposible identificar correctamente los cambios relacionados con un problema específico. Los problemas posteriores, por ejemplo, pueden requerir que el código relacionado con problemas anteriores se refactorice en gran medida. Este es quizás un ejemplo extremo, sin embargo, muestra cómo los números de problema en los comentarios en el código pueden resultar bastante inútiles.
Si pudiera garantizar que la situación que acabo de describir nunca sucedería, todavía argumentaría que el número del problema en sí sigue siendo bastante inútil sin una descripción de qué se trata el problema, y, sin embargo, toda esta información realmente pertenece a su sistema de seguimiento de problemas y debería ser duplicado. Un mejor lugar para anotar el número de problema sería en su sistema de control de versiones como comentario de confirmación. La ventaja es que puede comparar versiones y ver los cambios en el código relacionados con un problema específico, mientras que el número de problema en sí mismo le proporciona el identificador necesario si desea revisar el motivo del cambio en el código.
Con todo esto en mente, sugeriría que no es realmente una buena práctica como tal agregar números de problemas a los comentarios dentro de su código.