Mi preferencia personal son los archivos XML:
En la mayoría de los casos, no espero que el usuario tenga que editar sus ajustes de configuración, por lo que el problema de legibilidad humana no es un argumento en este caso.
Si necesitan editarlos, puede proporcionar una herramienta de edición, esto evita que el usuario haga algo tonto con los datos. Si desean restaurar la configuración predeterminada, puede decirles que eliminen el archivo x, lo que la mayoría de los usuarios se sentirán cómodos haciendo.
Tenga en cuenta que aún debe tener cuidado de tener permiso para almacenar su archivo, ya que algunas ubicaciones no tienen acceso de escritura de forma predeterminada en Windows 7, etc.
Los archivos INI son una buena forma estándar de almacenar la configuración y se prueban y prueban, ¡pero me parecen un poco 'Windows 3.1'!
Probablemente la mejor opción si desea que el usuario pueda jugar con sus datos
Yo personalmente me alejaría del registro. Por un lado, no puede garantizar que el usuario tenga los permisos necesarios para leer / escribir en el lugar donde desee almacenar sus datos.
En sistemas operativos más recientes donde la virtualización del registro entra en juego, esto puede causar una gran confusión porque no puede 'ver' la configuración virtualizada; esto nos ha mordido más de una vez donde hemos pasado horas tratando de descubrir por qué algo no funcionaba.