Mi proyecto era un complemento Atlassian JIRA : Java, SQL, algunas plantillas Velocity en el back-end y algunos gadgets de tablero (JavaScript / HTML / CSS) en el front-end. Atlassian también tiene sus propios marcos para los complementos, por lo que es útil si un IDE tiene soporte para bibliotecas externas no estándar.
He tenido una experiencia bastante desagradable con el soporte de JavaScript de Eclipse , tiene numerosos problemas técnicos con finalización y formateo automático de código, especialmente con código complejo (fuentes modulares, pocos marcos utilizados, etc.). La refactorización no siempre funciona según lo previsto (o en absoluto) y es casi inútil. Sin embargo, no he probado Aptana Studio.
NetBeans es algo mejor en este aspecto, pero su soporte para proyectos complejos de código mixto (como Java / JavaScript / web / plantillas, etc.) es deficiente (tal vez no lo he intentado lo suficiente).
Finalmente terminé usando IntelliJ IDEA . Es comercial (hay 30 días de prueba) pero tiene una característica inmejorable. Análisis de código, coloración semántica, refactorización que funciona en varios archivos fuente (como js, css, html). Solo pruébalo y nunca mirarás hacia atrás.
PD No estoy afiliado a JetBrains de ninguna manera, es solo mi opinión personal.