¿Qué tal algo como Sphinx ?
Usted escribe su documentación en reStructuredText (la sintaxis es similar a Markdown, que utiliza Stack Overflow) en archivos de texto sin formato (= fácil de controlar la versión) y Sphinx escupe páginas HTML.
Los dos usuarios más destacados de Sphinx (que yo sepa) son el lenguaje Python y TortoiseHG (ver los enlaces para la documentación generada por Sphinx).
EDITAR:
Acabo de leer que está hablando de documentación interna del proyecto, no de documentación del usuario final.
En mi opinión, algo así como Sphinx es la mejor manera de documentación interna también (siempre que pueda hacer que sus analistas escriban reStructuredText) porque:
- Puede controlar fácilmente la versión de los documentos (y las diferencias de los archivos de texto ocupan mucho, mucho menos espacio que los archivos binarios como .doc o .pdf).
- Si un desarrollador quiere un buen archivo .doc o .pdf legible, puede crearlo con Sphinx desde las fuentes.
Si Sphinx es demasiado complicado, hay una forma más fácil: puede escribir su documentación en Markdown y usar Pandoc para crear (por ejemplo) archivos .rtf, .doc o .pdf (puede hacer mucho más).
Pandoc me pareció más fácil de comenzar que Sphinx, pero Pandoc no puede crear buenas jerarquías de menú como Sphinx (como en la documentación de Python y TortoiseHG que he vinculado anteriormente).
Independientemente de las herramientas que utilice, si tiene un servidor web interno y un servidor de compilación, puede configurarlo para que el servidor de compilación genere una salida HTML y la copie en el servidor web cada vez que alguien envíe algo a la documentación. Por lo tanto, sus analistas ni siquiera tienen que pensar en el resultado final, solo necesitan comprometerse e impulsar sus cambios.