No necesita poner un encabezado GPL en la fuente, no necesita hacer nada. Aunque un aviso de copyright de su nombre y fecha en el archivo es útil y puede ser requerido en algunas áreas.
Probablemente incluiría su nombre / correo electrónico / sitio web en el encabezado y una nota que diga "ver licence.txt para conocer los términos", entonces no tiene que preocuparse por tener diferentes archivos fuente para GPL / Comercial.
La GPL es una licencia de distribución, cuando distribuye una copia de su proyecto bajo la GPL, incluye el archivo de texto GPL (y hace que la fuente esté disponible). Cuando lo distribuye usted mismo, incluye cualquier archivo de licencia comercial que desee.
La única complejidad es si acepta arreglos de usuarios de GPL: ellos son dueños de esos arreglos y solo puede distribuirlos bajo GPL. A menos que pueda hacer que los autores le asignen los derechos de autor.