Como suele suceder en la informática, la respuesta es (a) debido a circunstancias históricas y la necesidad de mantener la compatibilidad con versiones anteriores y (b) porque algunos métodos son más adecuados para algunas tareas que otras.
En (a) debe recordar que la "unidad de Winchester" - tengo la edad suficiente para recordar que se llama así - (lo que el resto del mundo llama un "disco duro") solo ha existido durante aproximadamente la mitad del tiempo de la computación electrónica e incluso entonces no ha sido accesible para la mayoría de los usuarios ni siquiera por ese tiempo por razones de costo. El sistema de archivos FAT funcionó bien en disquetes y también en los discos duros pequeños originales, ya que era razonablemente eficiente y requería una baja sobrecarga. Una vez que comenzó a usarse, y su uso se extendió ampliamente porque es fácil de implementar, los fabricantes no pudieron decirles a sus usuarios que sus datos anteriores eran repentinamente inválidos.
Del mismo modo, para los usuarios de Linux, digamos, un controlador NTFS estable tardó mucho en llegar, por lo que mantener los dispositivos formateados como FAT significaba que podían leerse y escribirse en múltiples sistemas.
En (b): piense en las diferencias entre un sistema que, por ejemplo, almacena miles de millones de registros de bases de datos basados en texto y uno que almacena archivos multimedia de DVD. Para la base de datos, cada registro podría ser muy pequeño, tal vez solo 30 o 40 bytes y, ciertamente, un sistema de archivos que asignó un 'segmento' completo (sin embargo, desea definir eso) del disco es probable que sea un desperdicio de espacio en disco. No es así con los DVD: es probable que los 'segmentos' más grandes (dentro de lo razonable, obviamente) sean altamente eficientes en términos de espacio.
Entonces, diferentes sistemas de archivos están diseñados para diferentes propósitos.