La idea del CONTROL DE VERSIÓN (nombre inapropiado: control de fuente) es permitirle retroceder en el historial, recuperar el efecto de los cambios, ver los cambios y por qué se hicieron. Este es un rango de requisitos, algunos de los cuales necesitan cosas binarias, otros no.
Ejemplo: para el trabajo de firmware integrado, normalmente tendrá una cadena de herramientas completa: un compilador propietario que cuesta mucho dinero o alguna versión de gcc. Para obtener el ejecutable de envío, necesita la cadena de herramientas y la fuente.
Verificar las cadenas de herramientas en el control de versiones es una molestia, las utilidades de diferencia son horribles (si es que lo hacen), pero no hay alternativa. Si desea preservar la cadena de herramientas para el tipo que viene a ver su código dentro de 5 años para descubrir lo que hace, entonces no tiene otra opción: también DEBE tener la cadena de herramientas bajo control de versiones.
A lo largo de los años, he descubierto que el método más simple para hacer esto es hacer una imagen ZIP o ISO del CD de instalación y verificar esto. El comentario de registro debe ser el número de versión de los fabricantes específicos de la cadena de herramientas. Si es gcc o similar, agrupa todo lo que estás usando en un gran ZIP y haz lo mismo.
El caso más extremo que he hecho es Windows XP Embedded, donde la "cadena de herramientas" es una VM Windows XP en ejecución, que incluía (en ese entonces) SQL Server y una pila de archivos de configuración junto con cientos y cientos de archivos de parche. Instalar todo el lote y actualizarlo solía llevar unos 2-3 días. Preservar eso para la posteridad significaba registrar TODA la VM en el control de versiones. Al ver que el disco virtual estaba compuesto por unas imágenes de 6 x 2 GB, en realidad funcionó bastante bien. Suena exagerado, pero hizo la vida muy fácil para la persona que vino después de mí y tuvo que usarlo, 5 años después.
Resumen: el control de versiones es una herramienta. Úselo para ser efectivo, no se obsesione con cosas como el significado de las palabras y no lo llame "control de fuente" porque es más grande que eso.