Le sugiero que lea este artículo que creo que explica bastante bien por qué extender objetos es una mala idea, también con respecto a Prototype.
En resumen:
Falta de especificación
La exposición de "objetos prototipo" no forma parte de ninguna especificación. [...] Para que la implementación se ajuste totalmente al DOM Nivel 2, no es necesario exponer esos objetos globales Nodo, Elemento, HTMLElement, etc.
Los objetos host no tienen reglas
Los objetos DOM son objetos host [...] Los objetos host pueden implementar estos métodos internos con cualquier comportamiento dependiente de la implementación, o puede ser que un objeto host implemente solo algunos métodos internos y no otros.
[...] El comportamiento de los métodos internos depende de la implementación. [...] Por definición, estás trabajando con algo que puede comportarse de manera impredecible y completamente errática.
Posibilidad de colisiones
Dada la gran cantidad de entornos en uso hoy en día, se hace imposible saber si cierta propiedad aún no es parte de algún DOM. [...]
Cada control de forma con nombre sombrea las propiedades heredadas a través de la cadena de prototipo. La posibilidad de colisiones y errores inesperados en los elementos de formulario es aún mayor.
Emplear algún tipo de estrategia de prefijos puede aliviar el problema. Pero probablemente también traerá ruido extra.
Sobrecarga de rendimiento
[...] los navegadores que no admiten extensiones de elementos, como IE 6, 7, Safari 2.x, etc., requieren la extensión manual de objetos. El problema es que la extensión manual es lenta, inconveniente y no escala.
[...] una vez que comienza a extender elementos, la API de biblioteca probablemente necesite devolver elementos extendidos a todas partes. Como resultado, los métodos de consulta como $$ podrían terminar extendiendo cada elemento en una consulta.
IE DOM es un desastre
Como se muestra en la sección anterior, la extensión DOM manual es un desastre. Pero la extensión DOM manual en IE es aún peor [...]
Bonus: errores del navegador
for(var ... in ...)
bucles se estropean ya que las funciones prototipo también se pasan.