Si estaba haciendo una reducción de tamaño grande (digamos 2x, 3x, 4x), puede hacer un promedio de píxeles para lograr un buen suavizado. En realidad, es por eso que el suavizado utiliza una gran cantidad de CPU / GPU adicional para que los videojuegos se vean más nítidos.
Dado que va de una imagen de 1000x1000 a una de 707x707 (solo un ejemplo para el factor de escala), está en lo cierto de que el alias puede ser un problema.
Afortunadamente, este es un problema con el que muchas personas ya se han encontrado y han trabajado bastante para resolverlo. En muchos casos, una interpolación bicúbica es el camino a seguir. Aquí hay algunos ejemplos de cómo se ven los diferentes métodos de interpolación:
http://www.compuphase.com/graphic/scale.htm
El cambio de tamaño de OpenCV tiene varios de esos métodos incorporados:
http://opencv.willowgarage.com/documentation/cpp/geometric_image_transformations.html#cv-resize
Si ya ha jugado con varios de esos métodos de interpolación y no funcionan bien, publique algún tipo de imagen de origen de muestra e imagen de resultado de muestra que muestre el déficit. Lo necesitaremos para diagnosticar el problema e intentar encontrar una buena solución.