Como estudiante estuve involucrado en el mismo problema que tú. Déjame explicarte en las palabras más simples sin ninguna matemática.
Convolución: se utiliza para convolucionar dos funciones. Puede sonar redundante, pero pondré un ejemplo: desea convolucionar (en un término no matemático para "combinar") una celda unitaria (que puede contener todo lo que desee: proteína, imagen, etc.) y una estructura reticular. El resultado sería que esta celda unitaria se organiza en cada punto de la red creando una estructura repetida de celdas unitarias organizadas.
Correlación cruzada: se utiliza para identificar una celda dentro de una estructura. Como ejemplo, tiene la imagen de una pequeña parte de una ciudad y una imagen de toda la ciudad. Con la correlación cruzada puede determinar dónde se encuentra esa pequeña imagen dentro de la imagen completa de la ciudad. Dicho de manera más simple, "escanea" hasta que encuentra una coincidencia. Ahora, la forma de hacerlo es encontrar un factor de correlación cruzada que provenga de la suma de varias multiplicaciones de un valor que proviene de cada imagen.
Es muy simple. Si quieres entender más las matemáticas de una manera amigable, mira este video. Este profesor de CALTECH lo explica de la mejor manera que he visto.
https://www.youtube.com/watch?v=MQm6ZP1F6ms
La mejor de las suertes.