Como Tim dijo en un comentario, UFW es la interfaz de iptables, por lo que realmente debería comparar las capacidades de iptables con Amazon Security Groups.
Para mí, la principal ventaja de SG es la integración con la infraestructura de AWS. Le permite construir una pila completa con Amazon CloudFormation, obtener detalles sobre puertos / direcciones abiertos / cerrados a través de API, etc. Desventajas: está bloqueado por el proveedor, lo que significa que deberá rehacer todo si decide cambiar de proveedor de alojamiento.
En primer lugar, verifique los límites de Amazon VPC . Si su recuento de reglas está dentro de los límites y su caso no requiere nada especial como NAT implementado por iptables, es suficiente usar solo Amazon SG y dejar abierto UFW. También puede consultar esta pregunta para obtener más detalles:
¿Por qué tener grupos de seguridad e iptables en Amazon EC2?