Respuestas:
No es solo para la legibilidad humana, hay muchas razones programáticas para separar las aplicaciones de 32 bits de las de 64 bits. Considere la carpeta "Archivos comunes". Si tiene una aplicación de 32 bits y una aplicación de 64 bits que usan la carpeta Archivos comunes para un archivo con el mismo nombre, utilizará la que se instaló primero. También hay diferencias en cómo Windows presenta estas carpetas a las aplicaciones, aunque no estoy lo suficientemente familiarizado con ellas como para explicarlas bien.
Finalmente, este es el primero de muchos pasos en el movimiento hacia aplicaciones de 64 bits universalmente nativas. La presentación de las carpetas de manera diferente mantiene la distinción visible tanto para los desarrolladores como para los usuarios, y los "Archivos de programa (x86)" de 32 bits son lo más extraño.
Como escribió en su pregunta, estas carpetas son directorios de configuración predeterminados distinguidos para aplicaciones de 32 bits y 64 bits.
Una configuración híbrida interesante es SQL Server 2005: si instala, instale la versión de 64 bits, los archivos principales del motor SQL se copiarán en la carpeta Archivos de programa, las herramientas, que solo tienen 32 bits, se instalarán en los "Archivos de programa (x86) "
Usted mencionó la razón: para distinguir los archivos de programa de 32 bits de los archivos de programa de 64 bits. Cuando ejecuta un programa de 32 bits en una instalación de Windows de 64 bits, Windows redirige las solicitudes de carpeta de ese programa para% ProgramFiles% [C: \ Program Files en la versión en inglés] a la alternativa x86 [C: \ Program Files ( x86)]. Debido a esta redirección silenciosa, los programas de 64 bits y 32 bits pueden coexistir sin interferir entre sí. (Por ejemplo, Windows de 64 bits incluye versiones de Internet Explorer de 64 y 32 bits). Windows también realiza redirecciones similares para sus propios archivos y para las claves de registro.