No estoy seguro de qué tipo de solución espera. Probablemente sepa acerca de los trabajos cron, pero no actualizaría los sistemas a ciegas ya que se necesitan intervenciones humanas (y es por eso que le pagan por hacer esto, ¿verdad?)
Si tuviera sistemas completamente idénticos, podría considerar usar algo como rsync para introducir las diferencias, pero descubrir qué archivos no rsync podría ser difícil, y no lo haría mientras los servicios se estén ejecutando. Al menos, los scripts de actualización están configurados para administrar el reinicio de los servicios y la fusión de las diferencias de los archivos de configuración.
Tal vez si explica cuál es el problema con los comandos apt-get podríamos ver lo que desea evitar.
Si el problema es el ancho de banda y el tiempo de descarga, tal vez debería configurar una casilla para que actúe como su depósito local de Debian. Hay guías de Debian sobre cómo hacer eso.
Aquí hay algunos consejos sobre cómo minimizar la cantidad de cosas que necesita actualizar.
Cuando instales Debian, no instales Desktop a menos que realmente necesites usar X en esa consola. La mayoría de los servidores no necesitan X instalado. Esto puede disminuir la cantidad de paquetes en el sistema de manera significativa, y luego no necesita actualizar tantos paquetes.
Compruebe que sources.list incluye solo los repositorios que realmente necesita. Si ha experimentado con algún repositorio y se olvidó de eso, podría estar trayendo actualizaciones que no necesita o no desea.
Si ha tenido problemas para realizar actualizaciones a ciegas en un servidor de producción, tenga cuidado de consultar las guías de actualización de Debian cuando haya una actualización importante (4.0 a 5.0). Esto pasará muy bien si sigue las instrucciones de actualización. No es tan fácil como ejecutar apt-get dist-upgrade y alejarse. A veces, en las instrucciones, incluso hay indicadores sobre cuándo ejecutar aptitude en lugar de apt-get: hay pequeñas diferencias en ellos.