estibador, alpino y matplotlib

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Actualmente estoy tratando de reducir una de nuestras imágenes acoplables usando alpine:

FROM python:2.7-alpine

Sin embargo, tengo problemas para instalar pip matplotlib.h:

EOF
warning: no previously-included files matching '*.pyo' found anywhere in distribution
warning: no previously-included files matching '*.pyd' found anywhere in distribution
numpy/core/src/multiarray/numpyos.c:18:21: fatal error: xlocale.h: No such file or directory
compilation terminated.
numpy/core/src/multiarray/numpyos.c:18:21: fatal error: xlocale.h: No such file or directory
compilation terminated.
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/tmp/pip-build-kCID_8/matplotlib/setup.py", line 383, in <module>
    **extra_args
  File "/usr/local/lib/python2.7/distutils/core.py", line 111, in setup
    _setup_distribution = dist = klass(attrs)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/dist.py", line 269, in __init__
    self.fetch_build_eggs(attrs['setup_requires'])
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/dist.py", line 313, in fetch_build_eggs
    replace_conflicting=True,
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 826, in resolve
    dist = best[req.key] = env.best_match(req, ws, installer)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 1071, in best_match
    return self.obtain(req, installer)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 1083, in obtain
    return installer(requirement)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/dist.py", line 380, in fetch_build_egg
    return cmd.easy_install(req)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/command/easy_install.py", line 640, in easy_install
    return self.install_item(spec, dist.location, tmpdir, deps)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/command/easy_install.py", line 670, in install_item
    dists = self.install_eggs(spec, download, tmpdir)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/command/easy_install.py", line 850, in install_eggs
    return self.build_and_install(setup_script, setup_base)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/command/easy_install.py", line 1078, in build_and_install
    self.run_setup(setup_script, setup_base, args)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/command/easy_install.py", line 1066, in run_setup
    raise DistutilsError("Setup script exited with %s" % (v.args[0],))
distutils.errors.DistutilsError: Setup script exited with error: Command "gcc -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -DHAVE_NPY_CONFIG_H=1 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE=1 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DHAVE_CBLAS -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/private -Inumpy/core/include -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/include/numpy -Inumpy/core/src/private -Inumpy/core/src -Inumpy/core -Inumpy/core/src/npymath -Inumpy/core/src/multiarray -Inumpy/core/src/umath -Inumpy/core/src/npysort -I/usr/local/include/python2.7 -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/private -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/private -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/private -c numpy/core/src/multiarray/numpyos.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/multiarray/numpyos.o" failed with exit status 1

Me doy cuenta de que esto probablemente se deba a musl.

Aquí están los bits relevantes de mi Dockerfile:

# xmlsec is only available in the testing repo
RUN apk add --no-cache --virtual .build-deps \
  xmlsec \
  xmlsec-dev \
  py-numpy \
  py-numpy-dev \
  --repository http://dl-3.alpinelinux.org/alpine/edge/testing/ \
  --allow-untrusted

RUN apk add --no-cache --virtual .build-deps \
  build-base \
  postgresql-dev \
  libffi-dev \
  nodejs \
  swig \
  git \
  libpng-dev \
  freetype-dev \
  libxml2-dev \
  libxslt-dev \
  python-dev \
  musl-dev \
  tk-dev \
  gfortran \
  py-setuptools \
  netcat-openbsd

RUN pip install -r requirements.txt

Estos son mis requisitos.txt:

setuptools==19.7
alabaster==0.7.4
amqp==1.4.6
anyjson==0.3.3
authy==2.1.2
awscli==1.9.12
Babel==1.3
backports.ssl-match-hostname==3.4.0.2
blessings==1.6
boto==2.9.9
certifi==2015.4.28
click==4.0
cryptography==1.0.1
Django==1.8.2
django-oauth-toolkit==0.8.1
django-appconf==1.0.1
django-compressor==1.5
django-cors-headers==1.1.0
django-coverage==1.2.4
django-crispy-forms==1.5.2
django-crontab==0.6.0
django-debug-panel==0.8.1
django-debug-toolbar==1.3.0
django-easy-pdf==0.1.0
django-email-extras==0.3.1
django-filter==0.10.0
django-forms-builder==0.11.1
django-libsass==0.3
django-markdown-deux==1.0.5
django-model-utils==2.2
django-nose==1.4
django-pgjson==0.3.1
django-phonenumber-field==0.7.2
django-pickling==0.1
django-ratelimit==0.6.0
django-redis==4.0.0
djangorestframework==3.3.1
djangorestframework-csv==1.3.4
django-rq==0.7.0
django-s3-cache==1.4.2
django-sphinx==2.2.4
django-storages==1.1.8
django-templatetag-handlebars==1.3.0
django-timedeltafield==0.7.10
django-twilio==0.8.0
docutils==0.12
ecdsa==0.11
extras==0.0.3
factory-boy==2.5.2
fake-factory==0.5.1
flex==4.3.0
functools32==3.2.3-1
gdata==2.0.18
gnureadline==6.3.3
greenlet==0.4.7
gunicorn==19.3.0
html5lib==0.999
httplib2==0.9.1
httpretty==0.8.10
inflection==0.3.1
ipdb==0.8
ipython==3.1.0
Jinja2==2.7.3
jsonschema==2.5.1
libsass==0.8.2
linecache2==1.0.0
lockfile==0.9.1
lxml==3.4.4
matplotlib==1.5.0
mimeparse==0.1.3
mistune==0.6
mock==1.3.0
newrelic==2.50.0.39
nose==1.3.6
nose-progressive==1.5.1
numpy==1.9.2
oauth2client==1.4.11
oauthlib==0.7.2
pandas==0.16.1
paramiko==1.15.2
pbr==1.0.1
pep8==1.6.2
phonenumbers==7.0.9
Pillow==2.8.1
pipdeptree==0.4.2
progressbar33==2.4
psycopg2==2.5.5
ptyprocess==0.5
pyasn1==0.1.7
pyasn1-modules==0.0.5
pycrypto==2.6.1
Pygments==2.0.2
PyJWT==1.3.0
pyOpenSSL==0.13
PyPDF2==1.24
python-daemon==1.6
python-dateutil==2.4.2
python-gnupg==0.3.7
python-logstash==0.4.6
python-memcached==1.54
python-mimeparse==0.1.4
python-openid==2.2.5
python-saml==2.1.3
python-social-auth==0.2.12
pytz==2015.4
PyYAML==3.11
pyzmq==14.6.0
raven==5.5.0
redis==2.10.3
reportlab==3.1.44
requests==2.7.0
requests-oauthlib==0.5.0
rq==0.5.2
rq-scheduler==0.5.1
rsa==3.1.4
simplejson==3.7.2
six==1.10.0
soaplib==2.0.0-beta2
sorl-thumbnail==12.2
Sphinx==1.3.1
sphinx-me==0.3
sqlparse==0.1.15
ssh==1.8.0
stripe==1.27.1
suds==0.4
terminado==0.5
testtools==1.8.0
traceback2==1.4.0
Unidecode==0.4.17
unittest2==1.0.1
uritemplate==0.6
vobject==0.6.6
Werkzeug==0.9.6
whitenoise==1.0.6
xhtml2pdf==0.0.6
django-absoluteuri==1.1.0

¿Qué debo hacer para instalarlo?

python docker

— synic
fuente

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Resolví este problema agregando:

RUN ln -s /usr/include/locale.h /usr/include/xlocale.h

Todo podría instalarse correctamente. Pero no estoy seguro de que sea una buena práctica.

— Céline Aussourd
fuente

Entiendo de dónde vienes, pero me siento mucho mejor al poder codificar esto en mi Dockerfile (con un enlace apropiado a esta publicación exacta en un comentario). Docker, a pesar de sus críticas, es bastante impresionante en parte debido a cosas como esta.

— lol

Esto también funciona para Cygwin. Numpy solo intenta cargar xlocale.h si está disponible y, por alguna razón, cree que está disponible en Cygwin en todos los lugares, pero no se basa en la capacidad especial de xlocale.h.

— CMCDragonkai

Lo que proporciona /usr/include/locale.h? Estoy usando una imagen alpina y ya la instalo, make python gcc libffi-dev linux-headers libgcc libstdc++sin embargo, el archivo necesario no está allí para vincular en primer lugar

— MikeM

@ MichaelMügge Ese es el musl-devpaquete

— Céline Aussourd

2

Es probable que necesite usar una imagen ventana acoplable Linux alpino que los usos glibcy las reemplazan musl-devcon glibc-headers, ya que los archivos de cabecera desaparecidos se encuentran agrupados en glibc-headers.

Todos los resultados principales en Docker Hub cuando busca glibcimágenes de docker linux alpine habilitadas utilizan la misma fuente para glibclos paquetes APK.

Esa compilación no incluye encabezados, pero podría modificarse para que incluya otro subpaquete con los archivos que faltan, algo similar a (no probado):

headers() {
  mkdir -p "$subpkgdir"/usr/glibc-compat
  cp -a "$srcdir"/usr/glibc-compat/include "$subpkgdir"/usr/glibc-compat
}

en el archivo APKBUILD .

Sin embargo, después de investigar esto, cuestiono la utilidad de tener los encabezados en su contenedor final. Me parece que sería mucho más útil tener un contenedor intermedio para construir la dependencia que requiere los encabezados, si es posible, e instalar el paquete resultante en su contenedor.

— Dawud
fuente

Hrmm, esto no funcionó para mí. Me sale el mismo error sobre xlocale.h. Vi que se instaló de musl-devtodos modos, uno de esos paquetes parece requerirlo. libc-devinstalado también, por lo que puedo decir.

— synic

¿Puedes compartir tu requirements.txt(o la parte relevante que desencadena la compilación que realmente requiere matplotlib.h) para reproducirlo localmente?

— dawud

Ok, lo agregué al OP

— synic

Después de un poco de investigación, requiere una cantidad de tiempo no trivial para proporcionar una solución de trabajo, he tratado de describir los requisitos y por qué los archivos de encabezado no están allí. Te lo dejo a ti para llenar los espacios en blanco. Sin embargo, espero que sea útil.

— dawud

2

Estas dependencias me funcionaron: docker run -c 'apk update && apk add g++ make subversion gcc gfortran ca-certificates python3-dev libpng-dev freetype-dev python3; ln -s /usr/include/locale.h /usr/include/xlocale.h; python3 -m pip install matplotlib'

Reemplace python3con pythonsi quiere 2.7

(además de la respuesta de @ Celine)

— Bryce Guinta
fuente