Las respuestas de Matthew Ife y shodanshok cubren los problemas en general, pero quiero abordar su preocupación específica poniendo los problemas en contexto, ya que son exactamente este tipo de sistemas los que administro.
Mi compilación actual para implementar aplicaciones web PHP / MySQL es:
Primero, consideremos por qué elegimos una distribución particular o un conjunto de paquetes. O valoramos la estabilidad sobre las últimas características, o valoramos las últimas características sobre la estabilidad. En general, no es posible tener ambos en la misma distribución, ya que el software de estabilización requiere tiempo para corregir errores, y agregar nuevas características introduce errores, por lo tanto, inestabilidad.
Como regla general, quiero que el sistema operativo en el que se ejecuta la aplicación sea lo más estable posible, pero con un conjunto de características razonablemente moderno. Por lo tanto, elegiré CentOS 7 sobre CentOS 6, que es bastante antiguo en este momento, y aunque funcionará , no le queda tanto tiempo en su ciclo de vida de soporte, por lo que no lo usaré para un nuevo proyecto .
Sin embargo, me encontré con el problema de que la versión de nginx incluida con CentOS era demasiado antigua y no tenía algunas características necesarias y correcciones de errores. Por lo tanto, busqué paquetes alternativos y descubrí que nginx.org distribuye los suyos. Me cambié a ellos casi de inmediato y los encontré perfectamente estables a largo plazo.
Luego está PHP. Sé por la historia que la versión de PHP incluida con CentOS será la única versión que obtenga, y solo recibirá actualizaciones de seguridad; No hay nuevas características o correcciones de errores. Por lo tanto, una vez que esté fuera de soporte, eventualmente no podré ejecutar aplicaciones web PHP modernas si uso esos paquetes. Por lo tanto, es necesario reemplazarlos también.
Por larga experiencia, he aprendido que es mejor rastrear las versiones de corrección de errores con PHP, no simplemente congelar en un punto de lanzamiento y tomar solo correcciones de seguridad, ya que las aplicaciones web que ejecuto también se actualizarán y necesitarán esas correcciones de errores. Entonces, después de evaluar muchos conjuntos diferentes de paquetes PHP, me decidí por los paquetes de remi. Remi es un empleado de Red Hat y también es responsable de los paquetes PHP en RHEL / CentOS. Así que sé que sus paquetes serán de alta calidad, y lo han sido. Son reemplazos directos para los paquetes del sistema y funcionan perfectamente.
Finalmente llegamos a MariaDB. Usted puede optar por mantener los paquetes del sistema aquí y sufrir ningún efecto negativo. Elegí cambiarme a los paquetes 10.0 de MariaDB (y pronto pasaré a 10.1) para aprovechar TokuDB y algunas otras mejoras de rendimiento que no están disponibles en la versión 5.5 incluida con CentOS, y para las que nunca recibirá actualizaciones importantes.
En general, necesita estabilidad en su sistema base, pero las aplicaciones web cambian mucho más rápidamente que, por ejemplo, la línea de software comercial, y su servidor necesitará mantenerse al día. Por lo tanto, he elegido puntos específicos donde la actualización de paquetes obtendrá beneficios claros con poca sobrecarga administrativa adicional (también conocido como trabajo).
/usr/local
o similar.