¿Las características de Windows no funcionarán a menos que se use una cuenta de Microsoft?
Ninguna. Solo pierde las características de varios software, y el 99% de eso son comodidades que nadie se perderá. Pierdes la "Tienda" por completo y las aplicaciones como "Clima" necesitan tener la ubicación configurada (no pueden simplemente extraer esos datos de tu cuenta).
¿Hay alguna trampa de no usar una cuenta de Microsoft en un entorno de dominio?
Nada específico para el dominio o la seguridad.
Desactivamos la Tienda e Inicio de sesión con cuentas MS de todos modos, solo para que la gente no se pasee por nada:
Computer Configuration\Policies\Windows Settings\Security Settings\Local Policies\Security Options\Accounts: Block Microsoft accounts
Computer Configuration\Policies\Administrative Templates\Windows Components\Store\Turn off the Store application
Si deshabilita la Tienda, pero no desinstala todas las aplicaciones, es probable que desee instalar las actualizaciones para esas aplicaciones (no conozco ningún problema de seguridad reciente, pero es el software de Microsoft). Microsoft proporciona una lista completa de actualizaciones de aplicaciones integradas que se pueden importar a un servidor WSUS (o puede extraer el instalador MSI del archivo del gabinete e implementarlo como desee).