Sí, debe deshabilitar SSLv3. Poodle funciona porque los navegadores intentarán usar protocolos más antiguos como SSLv3 si falla TLS. Un MITM puede abusar de esto (a menos que el nuevo cliente TLS SCSV sea compatible con el cliente y el servidor, que solo Chrome admite atm). Para una muy buena redacción sobre los detalles del ataque de Poodle, consulte: https://security.stackexchange.com/q/70719
SSLv3 se rompe de varias maneras , y la mejor manera de lidiar con el problema es deshabilitarlo, ya que fue reemplazado por TLS hace 15 años. Si está utilizando SSLv3 en un sitio web y no le importa IE6 en XP (IE7 en XP es bueno), debe estar seguro de deshabilitarlo.
La viabilidad de deshabilitar SSLv3 se está discutiendo en una pregunta relacionada: Caniche: ¿Deshabilitar SSL V3 en el servidor es realmente una solución?
Mientras lo hace, es posible que desee ejecutar una prueba en su sitio para ver si hay algún otro problema: https://www.ssllabs.com/ssltest/