Hay ciertas ventajas de no instalar en %programfiles%. Una es evitar que el programa se use como trampolín para malware (para obtener más detalles, consulte, por ejemplo, http://foundstone-dire-detect-insecurely-regist.software.informer.com/1.0/ o google para obtener más información sobre "Foundstone TERRIBLE").
Otra ventaja sería instalar sin requerir privilegios elevados. Esto puede ser importante, una vez más, si un programa se ve comprometido, no tendrá los derechos de acceso para comprometer otra cosa.
En el mundo Linux, es una práctica común instalar paquetes de software de terceros y del sistema por separado. Por ejemplo, si bien los paquetes de software habituales entran /usr/bin, los terceros generalmente entran /usr/local/bino /usr/share/binsi necesitan ser compartidos por múltiples usuarios, o $HOME/binsi se supone que deben ser utilizados por este usuario específico. Al escuchar cómo es una empresa de consultoría que instala estos programas en su PC, probablemente tengan algunas políticas de usuario (por no decir artificiales) que hacen que sea necesario o al menos más conveniente no usarlas %programfiles%.