Me pregunto si es posible establecer diferentes directorios de inicio para el mismo usuario ssh para cada subdominio.
Entonces, digamos que iniciar sesión con ssh myuser@example.com
su directorio de inicio será:
/www/httpdocs/
Si inicia sesión con ssh myuser@subdomain1.example.com
su directorio personal será:
/www/subdomain1/
Si inicia sesión con ssh myuser@subdomain2.example.com
su directorio personal será:
/www/subdomain2/
...
Y así.