Puede cambiar el encabezado del servidor si lo desea, pero no cuente con esto por seguridad. Solo mantenerse al día hará eso, ya que un atacante puede ignorar el encabezado de su servidor y probar cada exploit conocido desde el principio de los tiempos.
RFC 2616 establece, en parte:
Se recomienda a los implementadores del servidor que hagan de este campo una opción configurable.
Y Apache lo hizo, con la ServerTokens
directiva. Puede usar esto si lo desea, pero nuevamente, no piense que mágicamente evitará que lo ataquen.