¿Alguien tiene mejores prácticas sobre cómo organizar una estructura de carpetas?
No lo hagas
Créeme, no quieres tener la jerarquía de carpetas de ningún departamento (excepto quizás el tuyo). No sabe cuáles son sus necesidades, no tiene el conocimiento o la experiencia de otros departamentos para tomar buenas decisiones, y no quiere ser el conserje de archivos de la compañía.
Y si crees que lo ensucian, eso no es nada comparado con el desorden que harás con las cosas. Sé que dices que se te ha encomendado hacer esto, pero lo mejor que puedes hacer por ti mismo es deshacerte de él, rápido. Este es un ejemplo de estar configurado para fallar: no importa cómo lo hagas, alguien tendrá un problema y se quejará de ti o por ti.
La mejor práctica es literalmente "[jefe de departamento], aquí está su parte del departamento. Usted es responsable de la estructura y el permiso por debajo de este nivel. Configúrelo como mejor se adapte a sus necesidades".