Windows Server 2008 y Windows Server 2008 SP2 son el mismo sistema operativo, solo que en un nivel de paquete de servicio diferente (Windows Server 2008 comenzó en el nivel SP1 porque se lanzó bastante después de que Windows Vista y SP1 ya no funcionaran).
Windows Server 2008 R2 es la versión del servidor de Windows 7, por lo que es la versión 6.1 del sistema operativo; presenta muchas características nuevas, porque en realidad es una nueva versión del sistema. Este es un buen lugar para comenzar: http://www.microsoft.com/windowsserver2008/en/us/whats-new.aspx .
También hay diferencias a nivel de la GUI, porque WS2008R2 usa la misma nueva GUI introducida con Windows 7 (nueva barra de tareas, etc.).
Dependiendo del tipo de aplicaciones que esté desarrollando, pueden o no encontrar problemas en diferentes versiones del sistema operativo; definitivamente deberías revisar MSDN.
El punto más importante: Windows Server 2008 R2 existe solo para plataformas de 64 bits, ya no hay una versión x86.