El instalador de Windows puede generar múltiples instancias de msiexec.exe por varias razones.
En primer lugar, Windows Installer presenta una secuencia de interfaz de usuario (que se puede omitir ejecutando la instalación de forma silenciosa) y una secuencia de instalación . Las dos tablas para estas secuencias se llaman InstallUISequence e InstallExecuteSequence respectivamente. Debido a la forma en que Windows Installer permite " derechos elevados " durante la instalación, InstallExecuteSequence se ejecutará como la cuenta del sistema. En otras palabras, si inicia la configuración en modo GUI y comienza la instalación de esa manera, normalmente verá dos procesos msiexec.exe.
Además, los archivos MSI pueden iniciar acciones personalizadas, algunas de las cuales pueden generar nuevos procesos (archivos EXE). Estas acciones pueden desencadenar más procesos de msiexec.exe para que aparezcan en el administrador de tareas.
Aaron Stebner tiene una mejor explicación aquí: http://blogs.msdn.com/astebner/archive/2005/03/02/384088.aspx
Un enlace más: https://www.symantec.com/connect/blogs/multiple-msiexec-processes-running-during-installation