Depende
En mi experiencia con CentOS, es bastante seguro ya que solo está utilizando los repositorios base de CentOS.
Si espera actualizaciones fallidas de vez en cuando ... sí ... en el mismo nivel que debería esperar un disco duro defectuoso o una CPU fallida de vez en cuando. Nunca puede tener demasiadas copias de seguridad. :-)
Lo bueno de las actualizaciones automáticas es que se le aplica parches (y, por lo tanto, es más seguro) más rápido que hacerlo manualmente.
Los parches manuales siempre parecen ser rechazados o considerados como "de baja prioridad" para tantas otras cosas, por lo que si va a pasar al modo manual, PROGRAMAR TIEMPO EN SU CALENDARIO para hacerlo.
He configurado muchas máquinas para hacer udpates de yum automático (a través del trabajo cron) y rara vez he tenido un problema. De hecho, no recuerdo haber tenido un problema con los repositorios BASE. Cada problema que se me ocurre (desde mi cabeza, según mi experiencia) siempre ha sido una situación de terceros.
Dicho esto ... Tengo varias máquinas para las que MANUALMENTE hago las actualizaciones. Cosas como servidores de bases de datos y otros sistemas EXTREMADAMENTE críticos Me gusta tener un enfoque "práctico".
La forma en que lo descubrí personalmente fue así ... Pienso en el escenario "qué pasaría si" y luego trato de pensar cuánto tiempo tomaría reconstruir o restaurar desde una copia de seguridad y qué (si algo) se perdería .
En el caso de varios servidores web ... o servidores cuyo contenido no cambia mucho ... Continúo y actualizo automáticamente porque la cantidad de tiempo para reconstruir / restaurar es mínima.
En el caso de servidores de bases de datos críticos, etc., programo tiempo una vez por semana para revisarlos y parchearlos manualmente ... porque el tiempo necesario para reconstruir / restaurar consume más tiempo.
Dependiendo de qué servidores tiene USTED en su red y cómo se implementa su plan de respaldo / recuperación, sus decisiones pueden ser diferentes.
Espero que esto ayude.