Nunca he oído hablar de nada que "restablezca" los permisos de todo a una pizarra en blanco, a menos que "restaurar desde la copia de seguridad" cuente.
Incluso si lo hiciera, necesitaría una forma de saber quién posee qué archivos, así como los permisos de registro y otra información de identificación. Lo más probable es que se arruine y tendrías un sistema que actuaría de manera extraña en momentos aleatorios, a menos que el programa en cuestión tuviera una instantánea de cuál era el estado de la máquina cuando se instaló por primera vez ... en cuyo caso es el mismo como respaldo. Habría potencialmente alterado los permisos y las ID (ID de seguridad) simplemente agregando usuarios y habiendo instalado el sistema operativo en primer lugar en la máquina porque Windows tenía ciertas cosas en la ACL que son específicas de la instalación.
Su mejor opción es hacer una copia de seguridad de los datos del usuario y borrar el disco y volver a instalarlo antes de copiar los datos del usuario nuevamente en las carpetas adecuadas, luego haga una imagen de respaldo del sistema.
Esta es una de las situaciones en las que RAID no ayudaría, pero una buena copia de seguridad puede (hay varios administradores principiantes que parecen pensar que RAID es una copia de seguridad; ¡en esta situación no habría ayudado!)
icals
comando:/C
(Continuar con errores de archivo) y/Q
(suprimir mensajes de éxito). Todavía se mostrarán mensajes de error.