Por supuesto que no romperá AD. AD es muy escalable y, aunque hay formas de corromperlo, simplemente almacenar grandes cantidades de datos no afectará esto. Muchas organizaciones almacenan fotos junto con otros elementos de datos de mayor tamaño como claves de cifrado en AD.
Lo que sucederá es que el tráfico de replicación aumentará significativamente (mucho al agregar las fotos inicialmente, y un poco al agregar la foto de cada usuario a medida que se contratan nuevas personas), porque todas las nuevas fotos que se agreguen a AD tendrán que replicarse. Además, el tamaño de su base de datos AD aumentará. Es probable que esto no sea significativo para ningún servidor razonablemente aprovisionado para una organización de 3000. El tamaño máximo de la foto almacenada es de 1 MB, y dado que se supone que es una miniatura, el tamaño real debería ser significativamente menor que eso. En su organización, esto representa (bien) menos de 3 GB de datos.
Dicho esto, si ejecuta sus controladores de dominio en cantidades mínimas de disco, debe asegurarse de que haya suficiente espacio para los datos (pero si el disco se aprovisionó de manera eficiente, también tendría problemas para realizar actualizaciones de Windows).