Respuestas:
Las personales de mi cuenta, ~/bin. Los de todo el sistema entran /usr/local/bino /usr/local/sbinsegún corresponda (los scripts que solo deben ejecutarse como root entran sbin, mientras que los scripts destinados a ayudar a los usuarios comunes a ingresar bin), se implementan a través de la administración de configuración para garantizar que todas las máquinas que los necesitan los tengan (y el últimas versiones, también).
binversus sbin:)
Para cosas más complejas, especialmente algo que podría compartirse entre varias máquinas, tiendo a hacer paquetes de distribución, Debian en mi caso. Yo uso /usr/bin, y le doy a los scripts algún prefijo común. De esa manera, es más fácil de implementar y realizar un seguimiento de ellos. Para mis cosas personales, ~/bines lo suficientemente bueno.