Amazon proporciona servicios de generación de claves porque algunos sistemas operativos (tos, Windows, tos) pueden no facilitar la generación de los pares de claves SSH.
Con SSH (y SFTP), la clave pública se instala en el archivo autorizado de claves del usuario cuando se inicia la instancia EC2. La clave privada solo la posee el usuario y se presenta para autenticarse en el servidor.
De la documentación en:
http://docs.amazonwebservices.com/AWSEC2/latest/APIReference/ApiReference-query-CreateKeyPair.html
parece que Amazon genera el par de claves en sus servidores y le envía la clave privada a través de HTTPS. Esto es quizás menos que perfecto (idealmente, usted y nadie más tendrá posesión de la clave privada), pero probablemente no tan terriblemente, dado que todo esto ocurre en el contexto de su sesión autenticada y solo usted (y Amazon temporalmente) ven La clave privada. También siempre puede generar y cargar su propia clave pública para el uso de EC2, mientras mantiene la clave privada estrictamente privada.
Para configurar usuarios SFTP para la autenticación de claves, deberían generar claves SSH en sus máquinas. Una vez que generan un par de claves, solo deberían enviarle la clave pública para instalar en el archivo autorizado de claves autorizadas. La clave privada, como su nombre lo indica, es privada.