En Apache puede ProxyPass todo excepto uno o más subdirectorios (con "!").
ProxyPass /subdir !
ProxyPass / http://localhost:9999/
¿Cuál es el equivalente de Nginx?
Mi primera suposición obviamente no está funcionando:
location /subdir {
root /var/www/site/subdir;
}
location / {
proxy_pass http://localhost:9999/ ;
}