Si está utilizando Apache, los módulos como mod_security pueden ayudarlo a prevenir los vectores de ataque comunes. Con mod_security puedes
- bloquear solicitudes que parecen ataques de inyección SQL
- bloquear clientes cuyas direcciones IP están en la lista negra en algunos RBL
- redirija la solicitud a otro lugar si se cumplen algunas condiciones que defina
- bloquear solicitudes basadas en el país del cliente
- detectar y bloquear robots maliciosos comunes automáticamente
... y mucho, mucho más. Por supuesto, usando un módulo complejo como mod_security es muy posible bloquear también a sus clientes reales, y en el lado del servidor mod_security agrega algo de sobrecarga.
También es obligatorio mantener actualizado el software de su servidor y asegurarse de haber deshabilitado todos los módulos y demonios que no usará.
Las políticas de firewall estrictas son imprescindibles y, en muchos casos, las mejoras de seguridad adicionales como SELinux o grsecurity pueden detener el ataque.
Pero, hagas lo que hagas, los malos son muy pacientes, muy creativos y muy hábiles. Tenga un plan detallado sobre qué hacer cuando sea pirateado.