Para responder a su pregunta, ¿es razonable formatear con NTFS o exFAT ?
Como usted menciona, esto depende completamente de qué tipo de sistemas operativos se va a ver en esta unidad. Si está hablando de Vista +, entonces NTFS está bien. Si bien otros sistemas operativos (que no son Windows) pueden leer unidades NTFS, no estoy seguro de que su soporte sea tan bueno como FAT32.
ExFAT se agregó recientemente a la mezcla como una forma de solucionar algunas de las limitaciones de FAT32.
Hay algunas otras consideraciones también. Windows 7 es compatible con BitLocker ToGo, que permite el cifrado y el montaje completos del disco duro mediante una contraseña simple. Es lectura / escritura en Windows 7 y luego solo lectura en Vista y XP y no hay soporte multiplataforma.
Si lo que necesita es el mínimo común denominador, iría con FAT32 y me ocuparía de las limitaciones. Si solo está utilizando Windows XP +, entonces NTFS. Si está utilizando Vista +, entonces exFAT.