Estoy de acuerdo con Evan en que comenzar de nuevo es una buena idea. He realizado 4 "migraciones de archivos" a lo largo de los años en mi empresa actual, y cada vez que configuramos una nueva estructura y copiamos (algunos) archivos, respaldamos los viejos archivos compartidos y los desconectamos.
Una cosa que hicimos en nuestra última migración podría funcionar para usted. Tuvimos una situación algo similar con lo que llamamos nuestra unidad "Común", que era un lugar donde cualquiera podía leer / escribir / eliminar. A lo largo de los años, se acumularon muchas cosas allí, ya que las personas compartían cosas entre grupos. Cuando nos mudamos a un nuevo servidor de archivos, configuramos un nuevo directorio común, pero no copiamos nada para los usuarios. Dejamos el viejo Common en su lugar (y lo llamamos Old Common), lo hicimos de solo lectura y les dijimos a todos que tenían 30 días para copiar lo que quisieran en los nuevos directorios. Después de eso, ocultamos el directorio pero lo ocultaríamos a pedido. Durante esta migración, también trabajamos con todos los departamentos y creamos nuevos directorios compartidos y ayudamos a las personas a identificar duplicados.
Hemos usado Treesize durante años para descubrir quién está usando el espacio en disco. Hemos probado Spacehound recientemente y a algunos de mis compañeros de trabajo les gusta, pero sigo volviendo a Treesize.
Después de nuestra migración más reciente, intentamos configurar una estructura de archivo que las personas pudieran usar por su cuenta, pero no ha funcionado muy bien. La gente simplemente no tiene tiempo para hacer un seguimiento de lo que está activo y lo que no. Estamos buscando herramientas que puedan archivar automáticamente, y en nuestro caso funcionaría mover periódicamente todos los archivos que no se hayan tocado durante 6 meses a otro recurso compartido.