Esto se trata de confianza.
Digamos que visita un sitio web popular que presenta un certificado. Este es el sitio web diciendo: "Esto es lo que soy, se puede confiar en mí, porque tengo esta carta de presentación firmada por alguien que confíe."
En este caso, 'alguien en quien confía' es una de las autoridades de certificación que, (con suerte) ha hecho el trabajo de piernas para establecer la identidad del presentador del certificado en su nombre.
En lo que realmente está confiando es en la confianza del autor del navegador en la confianza de la autoridad del certificado en la identidad de la persona que presenta el certificado. A menudo también hay más de una autoridad entre usted y el presentador, de ahí el término: 'Cadena de confianza'. [1]
Cuando firma su propio certificado, no hay una cadena de confianza. Su sitio le presentará su propio certificado. Si instala su propio certificado en su navegador como uno que se confía, a continuación, que es tratada como una autoridad, lo mismo que los que vienen pre-instalados. Entonces tiene una cadena de confianza con un solo enlace.
Si luego visita uno de sus propios sitios y su navegador le advierte que está presentando un certificado no confiable, entonces debe ser motivo de preocupación, ya que, como con cualquier otro sitio que presente un certificado no confiable, no puede estar seguro que te estás comunicando con el sitio real.
Tenga en cuenta que todavía no mencioné el cifrado. Los certificados tratan de autenticar la identidad de la parte con la que se está comunicando. A través de los certificados de confianza, hay una manera de estar razonablemente seguro de que su tienda o banco es el verdadero. Una vez que haya establecido su identidad, asegurar las comunicaciones entre usted es el siguiente paso. Sucede que los certificados también contienen dentro de ellos las claves necesarias para facilitar esta seguridad. Suponiendo que haya configurado su SSL correctamente, esta comunicación es tan segura como la que tendría con su tienda o banco, y sus contraseñas están igualmente protegidas. [2]
[1] Esto de ninguna manera es un sistema perfecto. Un mercado libre y un negocio de alto margen y bajo margen inevitablemente lleva a la reducción de costos: http://www.theregister.co.uk/2011/04/11/state_of_ssl_analysis/
[2] Al menos, lo suficientemente protegido como para que sea mucho más barato que alguien entre en tu casa y te revele tus secretos en lugar de intentar descifrarlos: http://xkcd.com/538/