Hace un tiempo, virtualizamos los controladores de dominio para AD / Server 2003. Funcionó bien, excepto cuando una de las máquinas tenía una versión anterior de su VM iniciada en lugar de la última versión. Esto causó un problema GRAVE, y lo hizo así que el servidor AD dejó de replicarse y confiar en los otros servidores.
Lo que más tarde descubrí que se desencadenó fue un Rollback de USN: es muy desagradable de solucionar.
http://support.microsoft.com/kb/885875
Pude corregir el problema y continuamos nuestra virtualización. Sin embargo, esta vez tuve una máquina virtual lista para usar en el caso de que fallara un host del controlador de dominio, simplemente me uniría al dominio como un nuevo controlador de dominio, esto funcionó bien.
Esto está más actualizado y puede ser útil:
http://technet.microsoft.com/en-us/library/virtual_active_directory_domain_controller_virtualization_hyperv(WS.10).aspx