En cuanto a las funciones esenciales, debe utilizar la herramienta adecuada para el trabajo.
Si su conjunto de datos es pequeño y cabe en un solo volumen, use rsnapshot o rdiff-backup. Ambos ofrecen copias de seguridad incrementales, ahorran mucho espacio y son realmente fáciles de usar.
Para las copias de seguridad más grandes o más sofisticadas que tienen un componente fuera de línea, uso Bacula, lleva un tiempo configurarlo correctamente, pero es sólido como una roca y tiene bastantes características. Recomiendo acoplarlo con una interfaz web como webacula.
Una buena idea, por cada servidor que tengo, utilizo rdiff-backup para mantener una copia de seguridad incremental diaria de / etc en / var / backups /, no cuesta nada y le ahorrará muchos dolores de cabeza si no puede resolver por qué ese último cambio en un archivo de configuración está causando tantos estragos.