No conozco una solución 'fácil' para su problema, pero hay una solución algo complicada (dependiendo del tipo de dispositivo raíz).
Si su instancia tiene una raíz EBS, la solución es bastante simple: detenga la instancia, desconecte la unidad EBS, inicie otra instancia y adjunte el volumen EBS. Edite su archivo fstab según sea necesario, separe el volumen EBS y vuelva a adjuntarlo a la instancia original.
Si su instancia tiene una raíz respaldada por S3 (es decir, la tienda de instancias), la solución es un poco más difícil. Puede descargar los datos de su AMI (usando ec2-download-bundle ), y luego extraer esos datos en un solo archivo (usando ec2-unbundle ). Luego puede montar la imagen, hacer el cambio necesario y volver a agrupar la imagen (con ec2-bundle-vol , anulando el volumen predeterminado para agrupar con el indicador -v). Eso debería darle un nuevo AMI viable, idéntico al anterior, excepto por las modificaciones que realice. Alternativamente, puede copiar el contenido del archivo de imagen a un volumen EBS usando dd, y luego convertirlo a una instancia respaldada por raíz EBS.