Si desea poder ajustar MySQL para utilizar múltiples núcleos, debe actualizar a MySQL 5.5.
Según el documento técnico de MySQL "Novedades en rendimiento y escalabilidad de MySQL 5.5" de diciembre de 2010:
Control de subprocesos de E / S en segundo plano: los usuarios ahora tienen dos nuevos parámetros de configuración para todas las plataformas, innodb_read_io_threads e innodb_write_io_threads que permiten configurar la cantidad de subprocesos en segundo plano utilizados para las solicitudes de lectura y escritura. Esto ayuda a los usuarios a ajustar y escalar sus aplicaciones MySQL en sistemas multinúcleo de alta gama Control de la velocidad de E / S de Master Thread: los usuarios ahora pueden configurar la capacidad general de E / S
Los parámetros mencionados son innodb_read_io_threads e innodb_write_io_threads .
Estas configuraciones no existen antes de MySQL 5.1.38. De hecho, solo el complemento MySQL permite esta configuración en MySQL 5.1. Está incluido en InnoDB nativo de MySQL 5.5.
Quizás esta publicación de blog le brinde más información sobre InnoDB Scalablity para servidores múltiples .