En primer lugar, las escrituras concurrentes definitivamente no son una opción para el almacenamiento MyISAM. Cada uno de ellos bloqueará una mesa completa (excepto para leer en algunos casos). Si InnoDB no se adapta bien a usted, intente TokuDB. Pero será más lento en comparación con MyISAM debido a la naturaleza transaccional del motor TokuDB (e InnoDB, por supuesto) (debe escribir los mismos datos al menos dos veces: diario y archivos de datos). Además, si su servidor fallará algún día, esperará horas hasta que su mesa MyISAM de 40 Gb se repare.
Si aún desea cargar datos en sus tablas MyISAM y desea hacerlo rápido, le puedo recomendar que use en LOAD DATA INFILE
lugar de inserciones. Esta es la forma más rápida de cargar grandes volúmenes de datos a la tabla. Y sí, los índices ralentizarán el rendimiento de inserción de manera exponencial.
Una palabra acerca de las particiones: las instrucciones INSERT en MySQL no admiten la poda, por lo que todas sus particiones se escanearán en cada instrucción para una coincidencia de índice única. Además, todas las particiones se bloquearán hasta que finalice la inserción.