Honestamente, esperaría en ext4 ahora para uso de producción.
Hay otras opciones si tiene problemas de rendimiento real con el sistema de archivos (y puedo entender esa situación, en mi último trabajo tuvimos limitaciones de rendimiento en una aplicación debido a ext3). Dependiendo de la distribución elegida, es posible que pueda usar jfs, xfs o reiserfs. Los tres generalmente superarán a ext3 de diferentes maneras, y los tres son mucho más probados y estables que ext4 en este momento.
Por lo tanto, mi recomendación sería múltiples partes. Primero, investigue a fondo para asegurarse de que está optimizando en el lugar correcto. Pruebe su aplicación en diferentes sistemas de archivos y asegúrese de que el rendimiento haya mejorado lo suficiente como para que un cambio en el sistema de archivos sea válido.
Además, dependiendo de su aplicación, agregar más RAM podría mejorar el rendimiento. Linux, por defecto, utilizará cualquier RAM que no esté comprometida con las aplicaciones como caché de disco. A veces, tener unos pocos GB de RAM "no utilizada" puede tener un aumento significativo en el rendimiento de las cajas con una gran actividad de disco.
Finalmente, ¿cuál es su requisito de línea de tiempo aquí? Si ext3 no lo cortara y tuviera que construir una máquina con un sistema de archivos diferente hoy, probablemente usaría xfs o jfs. Si pudiera retrasarlo durante 6-8 meses, probablemente esperaría y vería cómo se ha desarrollado ext4.