Anteriormente, en cada base de datos creada, uso:
mysql -u root -p
CREATE DATABASE dbname CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_bin;
GRANT ALL ON dbname.* TO 'dbuser'@'localhost';
y luego use la base de datos sin pensar en MyISAM o InnoDB
¿Cómo saber el motor de almacenamiento utilizado de una base de datos?
SHOW TABLE
para cada tabla en el DB)?