El comando scp -r source user@target:destrecorrerá todos los subdirectorios de origen y los copiará.
Sin embargo, se scpcomporta como cpy siempre copia archivos, incluso si es igual tanto en el origen como en el destino. [Ver aquí para una solución alternativa.]
Como este es un sitio web estático, lo más probable es que solo esté haciendo actualizaciones, no recreando todo, por lo que probablemente encontrará que las cosas se mueven más rápido si usa rsyncover ssh en lugar de scp. Probablemente algo como
rsync -av -e ssh source user@target:dest
...Para empezar. Si está haciendo esto a través de una LAN, personalmente usaría las opciones -avWpara rsync.
Rsync también le brinda la capacidad de duplicar eliminaciones en su fuente; así que si elimina un archivo de su árbol, puede ejecutarlo rsynccomo se indica arriba e incluir la bandera --deletey eliminará el mismo archivo del lado de destino.
tartravés dessh: unix.stackexchange.com/a/10028/79839