IIS admite la implementación de xcopy, por lo que solo debe copiar los archivos, a menos que tenga requisitos especiales.
Una forma de hacerlo es un script simple que usa ROBOCOPY para copiar los nuevos archivos al servidor.
Si el sitio es grande y esto lleva demasiado tiempo, use un sistema de control de versiones. Me gusta Mercurial para este propósito, aunque hay que tener cuidado de que los archivos de configuración del sistema de control de versiones no se publiquen. La implementación es simplemente una cuestión de confirmar los cambios y luego verificar la última versión en el servidor. Además de ser eficiente, esto permite retrocesos rápidos (si etiquetó la última versión correcta) en caso de que su último y mejor tenga un error de showtopper.
Para minimizar el tiempo de inactividad, puede hacer que el script copie los archivos en un nuevo directorio y luego cambie rápidamente el nombre de los directorios o cambie la ubicación de IIS en el nuevo directorio.