Para tener una idea de obtener un certificado raíz de confianza, eche un vistazo al proceso continuo de CAcert . Ha sido un proceso de varios años bastante complejo (y no se han completado), pero al ser una organización abierta, todos los detalles del proceso están en su sitio web.
Una opción más probable es obtener una CA subordinada bajo una de las grandes raíces. No recuerdo cuál de las manos, pero al menos uno tenía una opción hace un tiempo para ellos hospedar a la CA subordinada (IIRC wisc.edu hace esto con Equifax / Geotrust). Creo que el costo actual estaba en las bajas 5 cifras por año más unos pocos dólares por certificado (costos de inicio no incluidos). No tengo enlaces a mano, pero varias escuelas han ido por este camino y tienen los detalles técnicos publicados en sus sitios web o en presentaciones dadas en conferencias. Trabajando desde la memoria y mi caché de certificados, wisc.edu, lsu.edu y tmc.edu parecen buenos lugares para comenzar.