La principal ventaja de esto es que permite un control de acceso más flexible: si un usuario tiene derechos de root a través de sudo, es fácil otorgar derechos de root o quitarlos según sea necesario. Por el contrario, si realmente le das a la gente la raíz pw, no puedes quitarla (a menos que seas Men In Black ;-)), solo puedes cambiar la raíz pw, lo que afectará a todos.
En ese contexto, los inicios de sesión raíz directos son innecesarios porque nadie tiene la raíz pw.
(Aún necesitará la contraseña raíz para acceso de emergencia en la consola en modo de usuario único; pero debe haber disposiciones especiales para eso).