Desde el punto de vista de la capacidad, Hyper-V Server R2 es esencialmente el mismo que el rol de Hyper-V en una instalación de Windows Server 2008 R2.
Desde el punto de vista de "limitaciones técnicas", ir con el servidor Hyper-V es realmente mejor que ir con Windows Server 2008 R2 Standard. Hyper-V Server R2 admite hasta 1 TB de memoria y 8 CPU (multinúcleo). Windows Server 2008 Standard admite hasta 32 GB de memoria y 4 CPU (multinúcleo).
Si compara la memoria / CPU con Windows Server 2008 Enterprise o Datacenter, Hyper-V comienza a quedarse corto. Enterprise admite 2 TB de memoria y 8 CPU, Datacenter admite 2 TB y 64 CPU.
Sé que dijiste que ignoraras las licencias, pero el otro gran factor son las licencias de invitado gratuitas incluidas en Windows 2008 Server. El servidor Hyper-V no incluye ninguno. El estándar incluye 1 licencia de SO huésped gratis, Enterprise incluye 4 y Datacenter permite ilimitado. Debe hacer la comparación entre comprar licencias de SO huésped o comprar el SO host "actualizado" y usar las licencias incluidas.