PHP 5.3 se asignó para obtener un mejor seguimiento del correo, pero no estoy seguro de si eso sucedió. (editar: sí, php 5.3 tiene el registro incorporado ahora - php.ini tiene la variable de configuración mail.log que registrará el uso del correo desde el código php).
Resolvimos el problema haciendo que sendmail sea un script de shell envoltorio.
En php.ini establece un nuevo anuncio publicitario. P.ej:
sendmail_path = /usr/local/bin/sendmail-php -t -i
El script sendmail-php simplemente usa el registrador para obtener información y luego llama al sistema sendmail del sistema:
#!/bin/bash
logger -p mail.info -t sendmail-php "site=${HTTP_HOST}, client=${REMOTE_ADDR}, script=${SCRIPT_NAME}, filename=${SCRIPT_FILENAME}, docroot=${DOCUMENT_ROOT}, pwd=${PWD}, uid=${UID}, user=$(whoami)"
/usr/sbin/sendmail -t -i $*
Esto registrará lo que sea que su mail.info esté configurado en el archivo syslog.conf.
Otra sugerencia es instalar la extensión suhosin php para ajustar las lagunas en PHP, a menos que esté ejecutando Debian o Ubuntu donde esto ya es el predeterminado.